En México se analizan al mes 2.5% de las muestras de pruebas positivas COVID para conocer la variante


Texto: Andrea Vega / Animal Político

Fotografía: Amapola Periodismo / Archivo

7 de enero del 2022

De todas las pruebas COVID que se hacen en México, solo se analizan para saber qué variante está causando la infección, 2 mil 500 de las muestras que dan positivo por PCR. Las que se usan para test de antígenos no sirven para este análisis.

Las que se analizan se eligen por regiones, para tener una representatividad de todo el país, sobre todo de zonas con mucha población o fronterizas con alta movilidad. Pero las muestras deben tener ciertas características, como una cierta cantidad de material genético. Por eso a las personas no se les dice qué variante tienen, porque son pocas muestras de las que se hace la secuenciación y ese estudio es posterior a que se confirma el positivo.

Así lo explican a Animal Político, cinco integrantes del Consorcio Mexicano de Vigilancia Genómina (CoVigen-Mex), que se conformó para ayudar a la Secretaría de Salud justamente en la identificación y el monitoreo de las variantes de virus respiratorios que circulan en el país.

Para saber qué variante está circulando se hace una secuencia del genoma del virus de una muestra, tomada a una persona que ha dado positivo por PCR. El genoma es el compendio de toda la información genética de un organismo. Lo que se hace es determinar cada una de las bases o de las letras que conforman a un virus.

Con programas de cómputo se comparan las nuevas secuencias con las del virus original, por ejemplo, el de Wuhan, China, y se determina cómo ha variado.

Carlos Arias, coordinador del CoViGen-Mex e investigador del Instituto de Biotecnología de la UNAM, precisa que si hasta hace dos semanas había aproximadamente unas 100 mil muestras positivas al mes y si se secuencian 2 mil 500 en ese mismo periodo, eso da un porcentaje de 2.5%. Pero si suben las pruebas positivas, como está sucediendo, ese porcentaje irá bajando, porque el número que se secuencia se mantiene más o menos fijo.

De la secuenciación de las muestras se encargan el Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), el Instituto de Medicina Genómica (Inmegen) y otras instituciones que participan en el CoViGen-Mex como el Instituto de Biotecnología (IBT) de la UNAM, la Universidad Autónoma de San Luis Potosí, el Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo (Ciad). Todas estas instituciones suben sus hallazgos al Gisaid, una plataforma internacional donde se reportan los datos de las variantes en todos los países.

En esta plataforma es donde se tiene registrado que en México, hasta el momento, hay confirmados 368 casos de ómicron, distribuidos en 15 estados, aunque la mayoría se encuentran en Ciudad de México, donde hay 267.

Hacer la secuenciación del genoma de virus, para determinar qué variante es, es un procedimiento caro, dice Arias. El costo es de más o menos 50 dólares (unos 5 mil pesos) por cada secuencia. “En 2021 tuvimos apoyo para secuenciar 12 mil muestras en todo el año y este año estamos solicitando una ampliación. Tenemos presupuesto para los primeros dos meses, pero Conacyt está interesado en apoyarnos”.

Alejandro Sánchez, también investigador del Instituto de Biotecnología de la UNAM e integrante del CoViGen-Mex, precisa que el Conacyt los apoya, pero con la desaparición de los fideicomisos, deben esperar hasta que baja el presupuesto y demás y el dinero lo irán recibiendo hasta marzo. “Tenemos que trabajar casi dándole crédito al gobierno y eso es un cuello de botella”.

El coordinador del CoViGen-Mex dice que lo secuenciado en México está muy por debajo de los números, por ejemplo, de Dinamarca que secuencia el 70% de sus muestras, pero que aun así ese porcentaje da una idea clara de lo que sucede en el país.

En eso de que se secuencia lo suficiente coincide con él Sánchez. “En Sudáfrica hacían la secuenciación de 500 muestras al mes y encontraron la variante beta, con una población de 60 millones de personas. Claro, en vigilancia genómica más siempre es mejor, pero el problema son los recursos, primero los financieros, después la disponibilidad de material para hacer los muestreos, en el mundo hay escasez de plásticos, y luego los recursos humanos, en cada laboratorio tenemos dos o tres personas que hacen 500 muestras cada semana, más todas las muestras que se procesan para otros fines de investigación”. Arias describe que las muestras que se eligen para secuenciar provienen de todo el país, pero predominan las de estados con mucha actividad turística, como Jalisco, Baja California Sur, Guerrero, también las de lugares que son fronteras con paso internacional como Baja California Norte, Chiapas, y, por supuesto, las de los centros de alta densidad poblacional, como la Ciudad de México.

Los resultados se suben al Gisaid, aunque la información que ahí se presenta tiene un retraso de al menos dos semanas, que es lo que tarda todo el trabajo de determinar las variantes en las muestras y subir la información a la plataforma.

“Como se buscan muestras de ciertas zonas y que tengas ciertas características, como una determinada cantidad de material genético, más o menos tarda una semana reunir 500 muestras y enviarlas, por ejemplo, a nuestro laboratorio. Después tardamos otra semana en hacer la secuenciación y más o menos otros tres o cuatro días en el análisis bioinformático (que es ver los cambios respecto a la secuencia original). Luego se prepara un reporte que se entrega al InDRE y a la Secretaría de Salud y que nosotros hacemos público en la página del consorcio”, explica Alejandro Sánchez.

Ese trabajo podría hacerse más rápido si se contará con equipos portátiles y personal para secuenciar en los hospitales o en los lugares donde se toma la muestra, así se podrían tener los resultados en 48 horas y se tomarían decisiones más rápidas de política pública, pero no hay presupuesto para esto.

¿Una persona debería saber qué variante tiene o no es relevante?

Respecto a si a las personas se les debería comunicar qué variante tienen, los especialistas coinciden en que esto, a nivel individual no es relevante, solo a nivel epidemiológico y para la toma de decisiones de gobierno.

José Campillo, biólogo y virólogo de la Facultad de Ciencias de la UNAM y también integrante del CoViGen-Mex, explica para todos los casos de COVID el tratamiento y las recomendaciones son las mismas, eso no se modifica, por eso para las personas no es relevante saber qué tipo de variante tienen.

“Eso es para los epidemiólogos, para las autoridades sanitarias de los países, para saber qué variantes hay circulando, cuál puede ser la predominante y qué decisiones se toman, si se hacen cercos sanitarios, por ejemplo”, abunda. Para las personas, dice, lo importante es saber si tienen COVID o no, para avisar a sus contactos, hacer cuarentena y estar alerta por cualquier complicación.

Clínicamente no es algo que deba preocuparle a las personas el tipo de variante que tienen, confirma Andreu Comas, médico virólogo y epidemiólogo de la Universidad Autónoma de San Luis Potosí, y también integrante del CoViGen-Mex. La importancia es a nivel epidémico, para conocer del surgimiento de nuevas variantes, cómo se distribuyen, cómo es la importación, cómo es la transmisión local, si hay riesgo de evasión de las vacunas o de los anticuerpos monoclonales.

A nivel paciente, agrega, solo es relevante analizar qué variante está causando la infección cuando, por ejemplo, se empiezan a ver casos graves en personas que no deberían presentar cuadros graves, por su edad o su condición de salud, “sí hay que ver si es una nueva variante, cepa, o subtipo del virus la que está causando cuadros más severos”.

Sobre si importa saber la variante porque hay unas que causan cuadros más severos, como delta y otras más leves, como ómicron, los especialistas coinciden en que aún no hay estudios concluyentes para decir que de verdad ómicron causa cuadros menos graves.

“Todavía no hay evidencia contundente de que ómicron produzca casos más leves, no hay los estudios suficientes aún para decir que por la misma naturaleza del virus los casos no se tornen severos, por eso no hay una ventaja clínica en que cada paciente sepa cuál es la variante que tiene, porque las recomendaciones clínicas son las mismas”, sostiene Guillermo de Anda Jauregui, integrante del CoViGenMex e investigador en ciencias biomédicas.

Aunque, dicen los especialistas, los estudios preliminares y la evidencia parece mostrar que ómicron infecta los bronquios, pero no tanto a otros órganos como el pulmón, los riñones, el corazón, el hígado, como en el caso de otras variantes. La vacunación también es un factor fundamental para que los cuadros no se tornen graves.

Pero las recomendaciones siguen siendo las mismas: vacunarse, ponerse los refuerzos de las vacunas en cuanto sea posible, sana distancia, lavado de manos, cubrebocas bien puesto en nariz y boca y ventilación de espacios, y, por lo tanto, evitar las aglomeraciones y los lugares cerrados y mal ventilados.

 

Este texto fue elaborado por el equipo de Animal Político y lo reproducimos con su autorización.